Metodologija, kao nauka o metodama, kao deo logike koji se bavi proučavanjem saznajnih metoda, ima za cilj, ne samo da opisuje naučnu praksu, nego i da propisuje logička, tehnička, organizacijska i strategijska (heuristčka) pravila ili norme o tome kako treba da se radi u nauci da bi njeni rezultati bili valjani. Metodologija je nužno i normativna nauka. Istovremeno je metodlogija i kritika nauke i naučnog metoda. Kao svestrana kritička analiza logičko-epistemoloških osnova celokupne naučne  istraživačke prakse metodologija naučnog rada  ne proučava samo puteve i sredstva kojima nauka, oslanjajući se na već dostignuto znanje, nastoji da ide dalje. Meodologija naučnog rada proučava i naučni sistem, tj. način na koji su sređena utvrđena naučna znanja i naučno značajne pretpostavke. Izvor mnogih slabosti i teškoća koje mogu da usporavaju i koče dalji razvoj nauke može da se nalazi u njenom sistemu; njegovim nedoslednostima i protivurečnostima koje ne odgovaraju nekim realnim protivurečnostima u društvu i stvarnosti uopšte, nego proističu iz nedostataka u uopštavanju i međusobnom povezivanju onoga što se već zna o stvarnosti; ili iz dogmatskog prihvatanja raznih nedovoljno proverenih stavova, čak i takvih čija je netačnost dokazana. A, zatim, metodologija naučnog rada analizira i sve konkretne istraživačke postupke i razna tehnička sredstva koja nauka upotrebljava u svojim raznovrsnim istraživanjima. Znači, pored opšte metodologije, koju uopšte nije moguće izdvojiti iz logike, koja proučava saznajne metode primenjive na svim područjima, postoje posebne metodologije koje proučavaju metode određene nauke ili grupe nauka (= metodologija prirodnih nauka, metodologija društvenih nauka, metodologija ...). Prema tome, postoji bitna razlika između metodologije i metoda - razlika koja, ukoliko se ne uzima u obzir i ukoliko se prema istoj ne odnosi sa dužnom pažnjom, neminovno dovodi do raznih nesporazuma.